Το Αρχαιολογικό Μουσείο της Νάξου είναι ένα από τα σπουδαιότερα της Ελλάδας. Στο Αρχαιολογικό Μουσείο της Νάξου υπάρχουν συλλογές και εκθέματα που καλύπτουν τη μακραίωνη ιστορία του νησιού (5.300 π.Χ.-5ος μ.Χ. αιώνας). Σημαντικότατη είναι η συλλογή των μαρμάρινων ειδωλίων της Πρωτοκυκλαδικής περιόδου (3.200-2.300 π.Χ.), δείγματα ενός από τους αρχαιότερους ευρωπαϊκούς πολιτισμούς. Πλούσιες οι συλλογές εκθεμάτων και από την μυκηναϊκή και την αρχαϊκή περίοδο (περίπου 1500 έως 480 π.Χ.),, αλλά και κλασσικούς και ελληνιστικούς χρόνους (περ. 480 έως 31 π.Χ.). Εκτός από τα εκθέματα από μάρμαρο υπάρχουν και αξιόλογες συλλογές άλλων ειδών, όπως κεραμεικών καθώς και γυάλινων αγγείων. Ένα πολύ ενδιαφέρον έκθεμα του Μουσείου είναι και το ψηδιδωτό όπου γυναικεία μορφή (Νηρηίδα) μεταφέρεται πάνω σε θαλάσσιο  τέρας και μας φέρνει στον νου αντίστοιχες σκηνές με τον Δία μεταμορφωμένο σε ταύρο να μεταφέρει πάνω του την Ευρώπη.

Το Αρχαιολογικό Μουσείο της Νάξου βρίσκεται στην κορυφή του λόφου στη γραφική και ιστορική συνοικία του Κάστρου της πόλης της Νάξου (έδρα του Δουκάτου του Αιγαίου κατά την Ενετοκρατία:1207-1566) και στεγάζεται σε κτίριο που χρησίμευσε παλαιότερα ως Σχολή των Ιησουιτών μοναχών τον 17ο αιώνα, και αργότερα (αρχές 20ού αιώνα) ως Εμπορική Σχολή (με πανελλήνια και διεθνή ακτινοβολία), όπου φοίτησε και ο μεγάλος Έλληνας λογοτέχνης και στοχαστής Νίκος Καζαντζάκης.